La metodologia d'intervenció a  l'AIS promou els hàbits més que la memorització de coneixements. Les activitats tenen com a punt de partida la simulació, la reflexió, el joc, la lectura, el debat i el contrast d'opinions... S'utilitzen sovint els recursos audiovisuals i digitals com a elements de cerca d'informació i eines per aprendre a aprendre.

Una de les característiques i potencialitats de les AIS és el treball transversal i coordinat que es fa amb diferents professionals i serveis educatius, de salut mental i de serveis socials. És per això que el servei de les Aules de Suport Integral compta amb 2 docents d'atenció directa a l'aula i el suport d'un referent dels Equips d’Assessorament i orientació Psicopedagògica (EAP) i dels Centres de Salut Mental Infantil i Juvenil (CSMIJ) de Manresa, que donen suport i planifiquen amb els docents, observacions i intervencions a l'aula.

Així mateix, l'AIS de l’Escola Jeroni de Moragas fa coordinacions periòdiques, amb les diferents escoles ordinàries amb les quals es fa escolarització compartida, amb la presència també de professionals dels àmbits educatius i de salut, però també amb els serveis socials de les localitats, on resideixen els alumnes.

Existeix també l'espai de la xarxa d'AIS de la Catalunya Central per poder parlar, debatre i treballar aspectes específics del servei. Tot això permet poder tenir una perspectiva àmplia de les característiques i dificultats de cada un dels alumnes, garantint l'abordatge de cada cas amb intervencions que tenen en compte totes les opinions i valoracions dels professionals. Això ens ajuda a ajustar en cada moment les estratègies i les respostes a allò que als alumnes els cal per treballar i millorar aquestes dificultats, a partir del model d'acció en les tres dimensions ja esmentades i que l'alumne pugui acabar fent un retorn a l'aula ordinària, tenint consciència i capacitat de gestió d'aquestes dificultats.